Kể từ thời gian dưới quyền lãnh đạo của Bobby Ray Inman, NSA đã tham dự vào việc tạo lập chính sách đối với công chúng trong lĩnh vực sử dụng mật mã trong cả vai trò cố vấn cho các bộ phận khác của chính phủ Hoa Kỳ cũng như tham dự trực tiếp.

NSA có liên quan rất nhiều đến tranh cãi xung quanh quá trình hình thành Tiêu chuẩn mật mã hóa dữ liệu (DES), một tiêu chuẩn mật mã hóa khối dùng cho chính phủ. Trong suốt quá trình thiết kế DES tại IBM vào thập kỷ 1970, NSA đã đề xuất những thay đổi trong thuật toán. Vì thế, nhiều người nghi ngờ NSA đã cố tình làm yếu thuật toán để có thể phá vỡ khi cần thiết. Nghi ngờ tập trung chủ yếu vào một thành phần quan trọng của thuật toán, S-box. Đây có thể là một cổng sau để NSA có thể dễ dàng đọc được các thông tin đã được mã hóa. Ngoài ra độ dài khóa cũng bị rút ngắn, tạo điều kiện cho NSA có thể phá vỡ hệ thống với hệ thống siêu máy tính của mình.

Khi kỹ thuật phân tích mã vi sai được tìm ra thì những nghi ngờ này có phần được giảm bớt. S-box đã được sửa đổi có khả năng chống lại dạng tấn công này. Vì thế nhiều khả năng NSA đã biết đến phân tích mã vi sai vào thời điểm thiết kế DES, trước khi kỹ thuật này được độc lập phát hiện vài thập kỷ sau đó. Tuy nhiên việc can thiệp để giảm độ dài khóa DES từ 128 (theo đề nghị của IBM) xuống còn 56 bít thì chỉ có thể giải thích rằng đây là cố gắng làm yếu thuật toán để NSA với công suất tính toán vượt trội của mình có thể tấn công duyệt toàn bộ để giải mã trong trường hợp cần thiết.

Nhiều khả năng dưới ảnh hưởng của tranh cãi trong quá trình thiết kế DES mà sự liên quan của NSA trong quá trình chọn thuật toán thay thế DES chỉ hạn chế ở việc kiểm tra hiệu suất phần cứng (Xem thêm: Quá trình thiết kế AES).

NSA cũng là yếu tố quan trọng trong những tranh cãi hồi cuối thập kỷ 1990 trong vấn đề xuất khẩu công nghệ mật mã. Từ lâu, phần cứng và phần mềm mật mã được xếp cùng hạng với máy bay chiến đấu, xe tăng, pháo và bom nguyên tử.

Tại nhiều thời điểm, NSA/CSS đã cố gắng hạn chế việc xuất bản các tài liệu nghiên cứu về mật mã học, chẳng hạn như các thuật toán mật mã hóa khối Khufu và Khafre.